W 2006 kandydował w wyborach prezydenckich, zajmując w pierwszej turze 3. miejsce z wynikiem 18,6% głosów. Przed drugą turą poparł publicznie Sauliego Niinistö z Koalicji Narodowej, który jednak przegrał z ubiegającą się o reelekcję Tarją Halonen ze współtworzących rząd socjaldemokratów.
Kierowani przez Mattiego Vanhanena centryści po wyborach w 2007 utrzymali status głównej siły w Eduskuncie, co pozwoliło mu pozostać na stanowisku premiera. Nowy gabinet poza jego macierzystą formacją i Szwedzką Partią Ludową poparły również Partia Koalicji Narodowej i Liga Zielonych. Przed Bożym Narodzeniem 2009 zapowiedział odejście z obu stanowisk (lidera partii i premiera) w połowie 2010. 12 czerwca 2010 na funkcji przewodniczącego Partii Centrum zastąpiła go minister Mari Kiviniemi, 18 czerwca tego samego roku złożył rezygnację z urzędu premiera. Cztery dni później Eduskunta powołała na to stanowisko Mari Kiviniemi. W tym samym roku Matti Vanhanen złożył także mandat poselski. Ponownie uzyskał go w wyniku wyborów w 2015. 2 czerwca 2015 został przewodniczącym klubu parlamentarnego Partii Centrum.
W 2018 ponownie był kandydatem centrystów w wyborach prezydenckich. W pierwszej turze głosowania otrzymał 4,1% głosów, zajmując 5. miejsce wśród 8 kandydatów.