Wydział teologii w Rostocku został zreorganizowany w duchu czysto luterańskim, wskrzeszona została instytucja wizytacji parafii przez superintendentów, zniesione zostały nadużycia w kwestii nabożeństw i administrowania sprawami kościelnymi, a myśl racjonalistyczna została usunięta z ambony. Nowe agendy liturgiczne opierały się na starym porządku kościelnym, przywrócono stare pieśni luterańskie.
Kliefoth przedstawił swoje poglądy na temat koncepcji Kościoła w Acht Bücher von der Kirche (tom I, Schwerin, 1854). Pierwsze cztery tomy traktują o królestwie Bożym jako źródle Kościoła, środkach łaski, zborze i nabożeństwie, porządku i zarządzaniu kościelnym. Cztery następne tomy nigdy się nie pojawiły. Koncepcja Kliefotha opierała się na starym porządku Kościoła luterańskiego. Sprzeciwiał się ścisłemu wiązaniu granic kościelnych z granicami państwowymi, kolegialnemu zarządzaniu Kościołem wywodzącemu z Kościoła reformowanego, które jego zdaniem obniżało autorytet duchownych, unii kościelnej jako zagrażającej luterańskiej tożsamości i wiązaniu Kościoła z polityką, które objawiało się w tendencji do ustanowienia Kościoła narodowego. Z jednej strony opowiadał się za przywróceniem czysto luterańskich Kościołów krajowych, z drugiej chciał wzmocnienia luteranizmu przez zawiązanie ściślejszej unii.