Część północno-zachodnia chronionego obszaru rozciąga się wzdłuż rzeki Noteci, od miejscowości Żurczyn, aż po Chobielin i Występ na południe od Nakła nad Notecią.
Część południowo-wschodnia rozciąga się od Pszczółczyna po Rynarzewo, obejmując część tzw. Bydgoskich Łąk Nadnoteckich, leżących w depresji ok. 1 m względem przecinającego ten obszar żeglownego Kanału Górnonoteckiego. System wodny na tym terenie został przekształcony w latach 80. XIX wieku, poprzez budowę licznych kanałów, jazów i śluz żeglugowych. W efekcie uzyskano spławny szlak żeglugowy łączący jeziora kujawskie i pałuckie z Kanałem Bydgoskim oraz zmeliorowany, rozległy obszar łąk, które wykorzystywano gospodarczo.
Niewielka enklawa, stanowiąca najdalej na południowy wschód wysuniętą część obszaru, leży nad Kanałem Górnonoteckim, na północ od wsi Nowe Dąbie.
Obszar jest położony na terenie trzech powiatów: bydgoskiego, żnińskiego i nakielskiego, w gminach: Białe Błota, Łabiszyn, Szubin i Nakło nad Notecią.