Po wojnie (w lipcu 1946) wstąpił do PSL, zostając następnie przewodniczącym grodzkiego koła tej partii w Krakowie. Został radnym Krakowa. Działał w Radzie Naukowej dla Ziem Odzyskanych. W ramach represji władz komunistycznych wobec PSL został skazany w 1947 roku przez WSR na 10 lat więzienia i 5 lat utraty praw obywatelskich. Przetrzymywany był w areszcie mokotowskim i więzieniu we Wronkach. Po interwencji Bolesławy Starmachowej u Teodora Marchlewskiego (biologa związanego z władzami komunistycznymi, niegdyś współpracującego ze Starmachami) został zwolniony po 2,5 latach (w maju 1950), zostając jednak pozbawionym praw obywatelskich i stopni naukowych do roku 1952. Od tego czasu mógł się poświęcić nauce, przewodnicząc jeszcze Sekcji Ichtiologicznej Komitetu Naukowego przy Ministerstwie Rolnictwa, jednak nie mógł uzyskać tytułu profesora zwyczajnego nadawanego formalnie przez władze. Wyrok w jego sprawie unieważniono dopiero w 1989, co było rehabilitacją pośmiertną.