W 1860 roku Kahnis został kanonikiem katedry w Miśni, a w latach 1864–1865 był rektorem Uniwersytetu Lipskiego. Już wcześniej jednak zmienił swe poglądy, kierując się w stronę racjonalizmu, odrzucając wcześniejsze podejście do natchnienia Pisma Świętego, uznając potrzebę postępu doktrynalnego i kładąc nacisk na ludzką naturę i naturalną moralność. Problemem, który poruszył w dziele Lutherische Dogmatik, było wyprowadzenie teologii luterańskiej z podstawowej zasady o usprawiedliwieniu z wiary i wyłącznym autorytecie Pisma Świętego. Zdaniem Kahnisa natura chrześcijaństwa polegała na wspólnocie zbawienia pomiędzy człowiekiem a Bogiem, nawiązywanej poprzez Chrystusa i Ducha Świętego; szukał potwierdzenia tego poglądu w historii, filozofii i doświadczeniu życiowym. Kontrowersje wzbudził jednak nie tyle sam system teologiczny, co liberalne podejście do zagadnień związanych z krytyką Nowego Testamentu, gotowość do przyjęcia wszystkich współczesnych teorii, modyfikacja doktryny natchnienia i odejście od dogmatów Kościoła, takich jak natura Trójcy czy Wieczerzy Pańskiej. Wielu, w tym Hengstenberg, zarzucało Kahnisowi odejście od wiary. W późniejszym okresie zajął się przede wszystkim badaniami historycznymi, gdzie wpływ współczesności był już mniej widoczny.