Sytuacja, w której biskup sufragan miał honorowe pierwszeństwo przed swoim metropolitą, była wyjątkowa i prowadziła do nieporozumień w relacjach pomiędzy hierarchami.
Ostatecznie dzięki zabiegom biskupa jerozolimskiego Juwenalisa – Sobór chalcedoński w roku 451, wydzielił z patriarchatu Antiochii obszar Palestyny i Arabii, ustanawiając na tych terenach odrębny patriarchat w JerozolimieThe Catholic Encyclopedia Jerusalem (A.D. 71-1099)..
Po schizmie wschodniej, początkowo działał jedynie prawosławny patriarchat Jerozolimy. Łaciński patriarchat Jerozolimy został utworzony w 1099 – po zdobyciu Jerozolimy przez krzyżowców.
W okresie Królestwa Jerozolimskiego patriarchom jerozolimskim podlegali arcybiskupi Tyru, Cezarei, Nazaretu i Petry oraz ich biskupi sufragani.
Po zdobyciu Jerozolimy przez Saladyna, siedzibę patriarchy przeniesiono do Akki, a po jej upadku w roku 1291 na Cypr.
W 1342 papież Klemens VI zniósł jurysdykcję terytorialną patriarchy, powierzając opiekę duszpasterską nad katolikami w Palestynie – ojcom franciszkanom z kustodii Ziemi Świętej, jednak godność patriarchy została zachowana, jako tytularna. Od 1374 łaciński patriarcha rezydował w Rzymie przy bazylice św.