W kolejnych sezonach klub stopniowo odbudowywał swoją pozycję awansując w 2018 roku do III ligi (czwarty poziom rozgrywkowy).
W swej historii KKS Warta miała aż 18 sekcji sportowych.
W sezonie 2024/2025 pierwsza drużyna występuje w III lidze grupa III, natomiast rezerwy w IV lidze lubuskiej.
Sukcesy Puchar Polski (województwo zielonogórskie): Finalista (2): 1962, 1963 Puchar Polski (województwo lubuskie): Finalista (5): 2018, 2019, 2020, 2022, 2024
Stadion
Klub swoje mecze domowe rozgrywał na stadionie piłkarskim Warty położonym przy ulicach Krasińskiego, Mickiewicza i Wyszyńskiego w Gorzowie Wielkopolskim. Obiekt ten posiadał ok. 4 000 miejsc i obecnie po przebudowie zakończonej w czerwcu 2022 roku pełni funkcję stadionu lekkoatletycznego. Piłkarze Warty występowali na nim do rozgrywek ligowych w sezonie 2000/2001.
Drużyna obecnie korzysta z kompleksu piłkarskiego Warta Arena przy ulicy Żwirowej – oddanej do użytku w 2020 roku, natomiast swoje mecze ligowe rozgrywa na stadionie OSiR-u przy ul. Olimpijskiej o całkowitej pojemności 5 000 miejsc.