Wybuch II wojny światowej częściowo wyhamował rozwój parafii. Mimo to rozwijało się bractwo Różańcowe. W działalność konspiracyjną włączyli się księża z Białego Dunajca oraz kilku gospodarzy. 18 i 22 kwietnia 1941 roku zostali aresztowani przez Niemców, a następnie wywiezieni do obozu koncentracyjnego w Oświęcimiu. Zginął tam m.in. ks. Franciszek Szott. Ponieważ parafia została bez duszpasterzy, książę abp Sapieha skierował do pracy w Białym Dunajcu ówczesnego wikariusza z parafii w Szaflarach, ks. Jana Rychlika. Jego praca w parafii trwała od 30 kwietnia 1941 do 16 sierpnia 1945 roku. W pracy duszpasterskiej pomagali mu: ks. Leon Adamski z diecezji włocławskiej (który zginął później w powstaniu warszawskim) oraz ks. Józef Krysta. Po zakończeniu II wojny światowej, 16 sierpnia 1945 roku do parafii wrócił ks. Władysław Puczka i podjął ponownie obowiązki duszpasterskie. Wznowiono działalność KSM. W dniach 14-22 września 1946 odbyła się pierwsza w historii parafii Misja św., poprowadzona przez ojców Redemptorystów. Wobec zdelegalizowania KSM, młodzież organizowała się w Żywy Różaniec czy Apostolstwo Modlitwy (zaprowadzone w parafii w 1949 roku).