Gdy doszedł do wniosku, że jego przekonania teologiczne są zgodne z Konfesją Augsburską, postanowił dołączyć do wspólnoty luterańskiej. W 1824 roku rozpoczął pracę w Berlinie jako Privatdozent, a następnego roku uzyskał bakalaureat z teologii. Jego rozprawa stanowiła obronę doktryny protestanckiej i wymierzona była w poglądy racjonalistyczne, zwłaszcza dotyczące Starego Testamentu. Jego wpływ wrastał wraz z upływem czasu, i ustępował jedynie wpływowi Augusta Tholucka, który był zresztą jego przyjacielem. Do jego przyjaciół zaliczali się też August Neander, David Friedrich Strauss, Franz Theremin i wielu młodych duchownych luterańskich. Związki z tymi ludźmi i pogłębiająca się ortodoksja doprowadziła go do odrzucania ówcześnie uznanych autorytetów. Minister Karl Altenstein próbował pozbawić go znaczenia i proponował przeniesienie na inny uniwersytet, obiecując w zamian awans; propozycje te były odrzucane i pogłębiały jedynie frustrację Hengstenberga. W czerwcu 1827 roku Hengstenberg założył pismo „Evangelische Kirchenzeitung”, które okazało się mieć większy wpływ na tamte czasy, niż jego działalność naukowa.