W 1809 roku wrócił do Hamburga, gdzie wykładał przez 18 miesięcy, od czasu do czasu głosił kazania i z wielką gorliwością poznawał historię Kościoła. W 1811 roku uzyskał habilitację na Uniwersytecie w Heidelbergu, w 1812 roku został tam profesorem nadzwyczajnym. W 1813 rozpoczął pracę na Uniwersytecie w Berlinie u boku Schleiermachera, de Wettego i Marheineka, gdzie wykładał historię Kościoła i egzegezę Nowego Testamentu.
W przeciwieństwie do dominującego trendu panującego wśród ówczesnych historyków Kościoła, Neander uważał chrześcijaństwo za żywy proces, a nie system religijnych dogmatów. Podkreślał rolę objawienia i działania Opatrzności. W swoich pracach skupiał się na jednostkach, szeroko opisując ich życie duchowe, co odbiło się na pominięciu eklezjalnego i wspólnotowego wymiaru chrześcijaństwa.