W 1806 roku zbór w Lunden wybrał go na diakona. Z wielkim zapałem podjął się działalności kaznodziejskiej i z troską podchodził do duchowych i doczesnych problemów swoich parafian. Jego kazania stały się bardzo popularne, także poza parafią. W 1816 objął urząd archidiakona w kościele św. Mikołaja w Kilonii, gdzie również cieszył się uznaniem. W trakcie swej działalności stawał się coraz bardziej przekonany, że jego czasy odeszły od wiary czasów reformacji, a przez to od źródła zbawienia. Uznał rok 1817, a więc trzysetną rocznicę początku reformacji, za właściwy moment na wyrażenie swoich poglądów. Opublikował wtedy 95 tez Marcina Lutra wraz z 95 tezami przygotowanymi przez samego siebie, skierowanymi przeciwko tendencjom istniejącym w Kościele luterańskim XIX wieku, które Harms uważał za nadużycia. Zadeklarował, że jest gotowy bronić tych tez i odwołać każdy błąd, jaki zostanie mu dowiedziony. Pierwsza teza wymierzona była w powszechny pelagianizm, natomiast większość skierowana była przeciwko racjonalizmowi, który – zdaniem Harmsa – uczynił rozum papieżem jego czasów. Ostatnie dwadzieścia tez wymierzonych było w unię kościelną.