Z zeznań złożonych po wojnie przez księdza proboszcza Wacława Murawskiego wynikało, że pierwszą grupę ludności cywilnej (byli to mieszkańcy najbliższych domów przy ulicy Wolskiej) przyprowadzono do kościoła już 2 sierpnia 1944. Kolejne, początkowo niewielkie, grupy wypędzonych trafiły tam 3 i 4 sierpnia. Składały się zazwyczaj z kobiet i małych dzieci, gdyż w pierwszych dniach powstania mężczyzn zamieszkujących zajęte przez Niemców kwartały Woli rozstrzeliwano na miejscu.
5 sierpnia rozpoczęła się rzeź Woli. Przebijające się w kierunku Śródmieścia niemieckie „siły odsieczy”, dowodzone przez SS-Gruppenführera Heinza Reinefartha, zamordowały tego dnia około 45 000 polskich cywilów – mężczyzn, kobiet i dzieci. Masową eksterminację ludności Woli zahamował dopiero pod wieczór rozkaz SS-Obergruppenführera Ericha von dem Bacha-Zelewskiego. Von dem Bach, który objął tego dnia dowództwo nad oddziałami wyznaczonymi do stłumienia powstania, zorientował się, iż zajęci mordowaniem, gwałceniem i grabieżą żołnierze „sił odsieczy” nie są w stanie prowadzić działań ofensywnych przeciw powstańcom. Rozkazał więc zaprzestać mordowania kobiet i dzieci (rozkaz likwidacji mężczyzn pozostawał w mocy do 12 sierpnia).