w 1892 został członkiem Komisji Historycznej AU (był sekretarzem Komisji w latach 1898-1910), w 1902 członkiem korespondentem Akademii. Kierował Powszechnymi Wykładami Uniwersyteckimi przy UJ, organizował kursy wakacyjne dla nauczycieli przy wsparciu „Macierzy Polskiej”. W ostatnich latach życia wiele aktywności poświęcił działalności społecznej na rzecz studentów.
Zajmował się historią nowożytną powszechną, historią polityczną Polski XVII wieku, edytorstwem. W ośrodku krakowskim zainicjował regularne badania nad stosunkami polsko-szwedzkimi w XVII i XVIII wieku. Dokonał krytycznej analizy korespondencji króla Jana III Sobieskiego do Marii Kazimiery oraz korespondencji Marii Leszczyńskiej. Zajmował się sprawą równouprawnienia schizmatyków na Litwie w XV i XVI wieku. Opracował historię Polski do X wieku dla wydawnictwa Dzieje powszechne ilustrowane (1905), interesował się dziejami UJ. Przygotował wydania wielu dzieł historycznych, m.in. Polonia... Marcina Kromera (1901). Pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie.
Uczniowie Do grona uczniów Wiktora Czermaka należeli min.: Leon Białkowski, Oskar Halecki, Roman Grodecki, Tadeusz Stanisław Grabowski, Z. Lisowski.