W rezultacie następowały wymioty i szybka utrata płynu w organizmie. Ponadto ciało stawało się toksyczne, co miało uchronić zwłoki przed robactwem. W końcu zamykano się w ciasnym, kamiennym grobie, gdzie w pozycji lotosu czekano na śmierć. Jedynym łącznikiem ze światem zewnętrznym była rurka, doprowadzająca powietrze oraz dzwonek, którego dźwięk zawiadamiał codziennie, czy taka osoba jeszcze żyje.
Kiedy dzwonek cichł, wyjmowano rurkę i pieczętowano grób. Po odczekaniu kolejnych tysiąca dni grób otwierano i sprawdzano, czy mumifikacja się udała. Jeśli tak, zmarłego uznawano za buddę, a jego zwłoki wystawiano w świątyni na widok publiczny. W większości przypadków ciała ulegały normalnemu rozkładowi, jednak takiego zmarłego nadal otaczano szacunkiem w uznaniu jego głębokiej wiary, chociaż nie uznawano za buddę.
Władze japońskie zakazały sokushinbutsu w okresie Meiji w XIX w., jednak nadal praktykowano automumifikację aż do początków XX w.
Dzisiaj Najbardziej znaną świątynią japońską, w której oglądać można automumifikowane zwłoki mnichów buddyjskich, jest świątynia Kaikō-ji w Sakacie (prefektura Yamagata).