Raków w krótkim czasie stał się centrum życia braci polskich mieszkających w Polsce, jako że założyciele miasta byli wyznawcami ruchu reformatorskiego. Pod koniec XVI wieku założono drukarnię braci polskich. Na początku XVII wieku wybrano Raków na ośrodek organizacyjny zboru braci polskich. Miasto szybko się rozwijało. Powstał w tym czasie przemysł tkacki, papierniczy, garncarski i browarniczy. Wybudowano także okazały ratusz i most na Czarnej.
W latach 1602–1638 funkcjonowała w Rakowie Akademia Rakowska o międzynarodowej sławie, gdzie nauczanie prowadzono w oparciu o własne podręczniki, autorstwa wykładających w szkole profesorów.
W wyniku nasilającej się kontrreformacji, pod pretekstem zniszczenia przydrożnego krzyża przez młodzież braci polskich, 19 kwietnia 1638 roku sąd królewski zakazał dalszej działalności rakowskiego zboru, w tym także drukarni i szkoły oraz skazał na banicję nauczycieli. Po wygnaniu braci polskich miasto podupadło i opustoszało. Jego rangi nie przywróciło ufundowanie przez biskupa krakowskiego Jakuba Zadzika kościoła. W 1641 roku biskup osadził w Rakowie reformatów. Ich zadaniem było szerzenie katolicyzmu wśród pozostałych w mieście braci polskich i ich zwolenników. Zakonnicy opuścili miasto około 1649 roku.