Zarysowanie sklepień kościoła w 1765 spowodowało konieczność wymurowania skarp bocznych. Od tamtych czasów świątynia przetrwała w niezmienionym stanie, przybywały jedynie pewne elementy we wnętrzu.
W 1815 kościół zaczął pełnić funkcję kościoła akademickiego, którą później przejął kościół św. Anny.
Świątynia i klasztor są jednymi z nielicznych warszawskich zabytków, które nie zostały zniszczone w czasie II wojny światowej. W 1965 roku świątynia wraz z całym zespołem klasztornym wizytek została wpisana do rejestru zabytków.
W latach 2009–2010, w związku z Rokiem Chopinowskim, elewacje kościoła zostały poddane konserwacji. Jednocześnie wycięto drzewa zasłaniające fasadę kościoła od strony Krakowskiego Przedmieścia.
Od 1960 roku aż do emerytury rektorem tego kościoła był ksiądz-poeta Jan Twardowski.
Architektura i wnętrze Fasada kościoła jest jednym z najciekawszych elementów budowli. Jej dolna część jest prawdopodobnie dziełem Karola Baya, który stworzył dzieło charakterystyczne dla okresu dojrzałego baroku (pojawiła się też hipoteza, że jej projektantem był Gaetano Chiaveri). Falujący, jakby w ruchu będący mur podzielony parami kolumn, rozbudowany, łamany gzyms daje doskonałe efekty światłocieniowe i wzbogaca bryłę budowli.