Dodge przyjął się do armii w okresie wojny secesyjnej, walczył po stronie Unii. Na samym początku wojny został przez gubernatora Iowa wysłany do Waszyngtonu z zaopatrzeniem dla ochotników. W lipcu 1861 roku został pułkownikiem w 4. Ochotniczym Pułku Kawalerii Iowa, dowodził brygadą w bitwie pod Pea Ridge, gdzie został ranny. Po bitwie został awansowany na generała brygady i skierowany do Dystryktu Mississippi, gdzie zajmował się osłoną linii kolejowych oraz budową nowych połączeń.
W czerwcu 1864 roku został awansowany do stopnia generała majora i mianowany dowódcą XVI Korpusu w czasie wyprawy Williama T. Shermana na Atlantę. W czasie bitwy pod Atlantą jego korpus znajdował się w odwodzie, po czym został wysłany do zastąpienia drogi korpusowi generała Johna B. Hooda. W czasie bitwy Dogde dotarł na front i osobiście dowodził dywizją Thomasa Sweeny’ego. Następnie dowodził korpusem w bitwie pod Ezra Church.