Z trudem przekonywał Kongres Konfederacji o konieczności reglamentacji, np. dopiero w lutym 1864 r. Kongres przyjął ustawy w sprawie zakazu handlu artykułami luksusowymi, mimo że problem ten, podobnie jak sprawa monopolu rządowego w wymianie z Europą, był podnoszony już w pierwszym roku wojnyKrzysztof Michałek Dyplomaci i okręty 1987, Pod banderami Unii i Konfederacji 1996..
Na Proklamację Emancypacji Davis zareagował odezwą do ludności stanów Północy, nazywając niewolnictwo kamieniem węgielnym Republiki (slavery is the corner-stone of a Western Republic) oraz twierdząc, że właściwym stanem murzynów jest niewolnictwo bądź całkowite podporządkowanie białym (proper condition of the negro is slavery, or a complete subjection to the white man)An address to the people of the free states by the President of the Southern Confederacy ..
3 kwietnia 1865, gdy wojska Unii zwyciężające na całym froncie, zagroziły zdobyciem Richmond, Davis z rządem uciekł do Danville w stanie Wirginia, następnie do Greensboro w Karolinie Północnej. 10 maja 1865 został ujęty w okolicach miejscowości Irwinsville w stanie Georgia. Został oskarżony o współudział w zabójstwie Lincolna i uwięziony w w Wirginii.