Te trzy wspomniane tutaj czynniki łącznie doprowadziły do nadmiernego obciążenia pracą Komisji i Trybunału.
Restrukturyzacja istniejącego wtedy systemu została przeprowadzona przez Protokół nr 11, który został w maju 1994 otwarty do podpisu przez państwa strony Konwencji. Protokół ten zastępował wcześniejsze protokoły dotyczące postępowania przed Trybunałem (2, 3, 5, 8, 9 i 10). Po wejściu w życie w listopadzie 1998 roku nowy system kontrolny zaczął funkcjonować, dając nadzieję na usprawnienie, a zwłaszcza przyspieszenie postępowania.
Według nowej procedury jedynie Europejski Trybunał Praw Człowieka zajmuje się rozpatrywaniem nadsyłanych skarg. Trybunał działa permanentnie w odróżnieniu od swego poprzednika zbierającego się periodycznie. Zlikwidowana została Europejska Komisja Praw Człowieka, a nadto Komitet Ministrów utracił swoje uprawnienia do merytorycznego zajmowania się skargą jednostki przeciwko państwu.