W 1951 roku uhonorowano go tytułem zasłużonego dla kultury. Od 1953 roku był pierwszym przewodniczącym Research Institute for Fundamental Physics (RIFP) na Kyoto University, nazwanego jego imieniem (Yukawa Institute for Theoretical Physics, YITP) i pełnił tę funkcję w latach 1953–1970. Otrzymał doktoraty honoris causa kilku uczelni, m.in. paryskiej Sorbony. Był członkiem zagranicznym American National Academy of Sciences, American Physical Society, Royal Society w Londynie, Rosyjskiej Akademii Nauk, od której otrzymał też Złoty Medal Łomonosowa. W 1964 roku został odznaczony Orderem Zasługi RFN. W 1967 odznaczony cywilnym Pour le Mérite za Naukę i SztukęHideki Yukawa na liście odznaczonych.
W 1955 roku był jednym z sygnatariuszy Manifestu Russella-Einsteina (zob. Konferencja Pugwash w Sprawie Nauki i Problemów Światowych).
Ożenił się w 1932 roku z Sumiko. Mieli dwóch synów o imionach: Harumi i Taka’aki.
Przypisy , Biographical, Nobel Lecture, December 12, 1949, Meson Theory in Its Developments.
Linki zewnętrzne Hideki Yukawa na: www.nobel-winners.com Hideki Yukawa na: NNDB Tracking the entire world