W nadzwyczaj niekorzystnych okolicznościach zdołał też uratować przed rozgrabieniem bibliotekę swoją i Władysława Kotwicza oraz skład książek Polskiego Towarzystwa Orientalistycznego we Lwowie.
Zatrudnienie znalazł na Uniwersytecie Jagiellońskim w Krakowie, gdzie jednak – w związku ze złym stanem zdrowia i wreszcie śmiercią w 1948 profesora Tadeusza Kowalskiego – nie mógł się z braku odpowiedniej kadry habilitować. W związku z tym pracę habilitacyjną przedłożył w 1949 w Warszawie i tam też uzyskał habilitację, a w 1951 został tamże mianowany na komisarycznego kierownika Zakładu Ludów Azji Środkowej, by wreszcie na krótko przed śmiercią otrzymać tytuł profesora nadzwyczajnego.
Tym niemniej Marian Lewicki nigdy nie opuścił Krakowa, a na zajęcia do Warszawy dojeżdżał pociągiem. W czasie jednej z takich podróży zmarł na serce.
Pochowany na cmentarzu Salwatorskim (sektor SC14, rząd 1, nr grobu 55).
mały|Grób prof. Mariana Lewickiego na Cmentarzu Salwatorskim