Wyspy thumb|200px|Wyspy w zatoce Matsushima, prefektura Miyagi Terytorium Japonii obejmuje cztery duże wyspy (z północy na południe): Hokkaido (83 451 km²), Honsiu (231 041 km²), Sikoku (18 784 km²) i Kiusiu (42 154 km²) oraz 14 121 innych wysp i wysepek.
Hokkaido jest wysunięta najdalej na północ, a bezpośrednio na północ od niej rozciąga się wąski archipelag Kuryli, należący do Rosji. Kiusiu leży na południowo-zachodnim krańcu głównego archipelagu. Na południe od niej rozciąga się archipelag Riukiu. Największą z wysp Riukiu, w centralnej części archipelagu, jest Okinawa (2265 km²). Na południe i wschód od Honsiu leżą archipelagi: Izu, Ogasawara i Kazan. Stolica Japonii – Tokio – znajduje się w środkowo-wschodniej części Honsiu.
Cztery główne wyspy japońskie (niekiedy podaje się jako piątą Okinawę): Honsiu (Honshū), Hokkaido (Hokkaidō), Kiusiu (Kyūshū), Sikoku (Shikoku), tworzą łuk o długości 2990 km, zaś Riukiu tworzy kolejny łuk o długości 1200 km. Wszystkie te wyspy są jednym z odcinków geologicznego łańcucha zwanego „Pierścieniem Ognia” lub „Ognistym Kręgiem” – obszaru zachodniego Pacyfiku o dużej aktywności sejsmicznej i wulkanicznej.