Wyposażenie Organy Godny uwagi jest przede wszystkim zachowany prospekt organowy z 1703. Znajdujące się na prospekcie 17 piszczałek zostało uformowanych na kształt promieni słonecznych, stąd nazwa instrumentu: Sonnenorgel (pol. organy słoneczne). Oryginalne organy Caspariniego nie zachowały się. Zostały one bowiem przebudowane w latach 1827/1828 przez Josepha Schinke i Carla Friedricha Ferdinanda Buckow; późniejsze przebudowy miały miejsce w latach 1845–1847 (Johann Nikolaus Friedrich Jahn) i w 1894, kiedy to firma organowa Schlag & Söhne zachowując kilka starych głosów zbudowała za prospektem całkowicie nowy instrument. I to dzieło doczekało się przebudowy w latach 1926–1928 (firma Sauer). Od 1997 istnieją w tym miejscu nowe organy zbudowane przez firmę Mathis Orgelbau AG z Näfels (Szwajcaria). Mają one 88 głosów podzielonych na 4 manuały i pedał i następującą dyspozycjęDyspozycja organów została opracowana na podstawie stron: Wirtualne Centrum organowe – Słownik terminów organowych i Gdańskie Organy – Organy Katedry w Oliwie. Wynika z nich, iż w polskiej terminologii obowiązuje terminologia niemiecka, jakkolwiek niektóre nazwy instrumentów mogą być tłumaczone na jęz.