Ze względu na niechętną wobec islamizmu politykę rządu w latach 90. wybuchło powstanie dżihadystyczne wywołane przez Islamski Ruch Uzbekistanu. Jego głównym celem było utworzenie w Uzbekistanie państwa muzułmańskiego. Następnie rozszerzył swoje plany na całą Azję Centralną, w której miałby zostać utworzony ponadnarodowy kalifat, głosząc radykalne poglądy ruch zdobył poparcie Al-Ka’idyInside Al Qaeda: global network of terror, by Rohan Gunaratna, s. 169.Lena Jonson Tajikistan in the New Central Asia: Geopolitics, Great Power Rivalry and s. 96. 2006. 978-1845112936.https://web.archive.org/web/20180715094412/http://www.understandingwar.org/tajikistan-and-afghanistan „hile the IMU still seeks to topple the Uzbek government, it now also wants to establish an Islamic Caliphate that spans Central Asia.”..
Karimov zwyciężył również w referendum w 1995 oraz wyborach w 2000, chociaż wybory te nie są uważane za wolne i uczciweTydzień 14: Uzbekistan, www.pkwp.pl.Uzbekistan/ Zakończyły się wybory prezydenckie, www.psz.pl.. W 2007 startował w wyborach na prezydenta z ramienia Liberalno-Demokratycznej Partii Uzbekistanu, a nie jak poprzednio Partii Ludowo-Demokratycznej. W pierwszej turze uzyskał wynik 90,77% głosów.