Austriacy błędnie uważali, że wieś ta jest opanowana przez Francuzów, jednak ruch ten groził atakiem z flanki na pozycje francuskie i odcięciem linii komunikacyjnych z Mediolanem.
Francuzi utrzymywali linię Fontanone do południa, oddziały Victora zostały w tym czasie wzmocnione częścią sił Lannesa i Murata – oddziały Lannesa przeszły na prawe skrzydło, kawaleria Murata (w tym kirasjerzy Kellermana) walczyła na lewym.
Około godziny 11 Napoleon zorientował się, że może przegrać bitwę. Wysłał rozkaz do Desaixa, w którym nakazał mu natychmiast wracać, a podległym mu oddziałom nakazał obronę do upadłego, mobilizując jednocześnie do walki wszelkie rezerwy, które posiadał.
Około 14 Francuzi utracili Marengo i wciąż cofali się, stawiając zaciekły opór, w kierunku wsi San Giuliano.