Jej śmierć miała zapoczątkować upadek intelektualny Aleksandrii, koniec nauki i filozofii. Próbowano również czynić z niej chrześcijankę, która porzuciła pogaństwo tuż przed swoją śmiercią.
Według Marii Dzielskiej i Pierre’a Chuvina Hypatia stała się ofiarą konfliktu politycznego pomiędzy chrześcijanami, z których jedna strona była przedstawicielem władzy świeckiej, druga kościelnej, choć Dzielska dostrzega tu również istotne relacje interpersonalne.