Ufundowany przez Juttę kościół był wykonany z drewna i spłonął w XV w. w trakcie jednego z pożarów nawiedzających miasto. Na jego miejscu wzniesiono gotycką świątynię, która również uległa zniszczeniu w pożarze w 1688 roku, jednak ocalałe z pożogi elementy stały się częścią obecnego kościoła wzniesionego w latach 1727-1730 przez legnickiego architekta Jana Jakuba (Johanna Jacoba) Scheerhofera. W 1810 roku na fali ruchów sekularyzacyjnych klasztor sióstr Benedyktynek został rozwiązany, a budynki poklasztorne stały się własnością państwa pruskiego. W latach 1845–1946 kościołem opiekowały się siostry urszulanki. Większość kosztowności zniknęła z kościoła w trakcie II wojnie światowej i po niej. Istnieją spekulacje, że nie wszystkie skarby zostały odnalezione i część z nich pozostaje ukryta wewnątrz kościoła lub w jego pobliżu. Do dziś w zakrystii znajduje się część kolekcji zabytkowych ornatów z XVII-XIX w. Z tego samego okresu pochodzi wiele spośród użytkowanych do dzisiaj przedmiotów kultu religijnego.
W lubomierskim kościele kręcone były sceny do filmów Zakład Teresy Kotlarczyk (1990) i Tajemnica twierdzy szyfrów Bogusława Wołoszańskiego (2007).