Brat Manuela – Andrzej Paleolog – wiódł życie awanturnicze. Tytułował się „Imperator Constantinopolitanus”, dla zdobycia gotówki sprzedawał prawa do tronu bizantyjskiego, w tym Karolowi VIII Walezjuszowi i Ferdynandowi Aragońskiemu. Miał syna Konstantyna, który zmarł bezpotomnie. Tym sposobem wygasła dynastia Paleologów.
W 1305 r. boczna linia Paleologów (Paleologowie z Montferratu) drogą spadku weszła w posiadanie hrabstwa Montferratu (północne Włochy), którym władała aż do 1533 r., kiedy to ziemie hrabstwa odziedziczyli przedstawiciele rodu Gonzaga.
Żoną wielkiego księcia moskiewskiego Iwana III (1462–1505) była Zoe Paleolog, bratanica ostatniego cesarza bizantyjskiego, Konstantyna XI. Dzięki Zoe, na moskiewskim dworze książęcym zrodziła się idea Moskwy – Trzeciego Rzymu, rozwijana później w Rosji jako bezpośredniej spadkobierczyni najlepszych tradycji bizantyjskich, tak religijnych, jak też państwowych. Symbolem związków bizantyjsko-ruskich było przejęcie przez władców moskiewskich dwugłowego bizantyjskiego orła, także za sprawą Zoe Paleolog.