Wielokrotne podróże naukowe do Włoch dały mu możliwość bliższego poznania opery. W 1920 Hermann Abert objął po Hugonie Riemannie kierownictwo Instytutu Muzykologii Uniwersytetu w Lipsku. Trzy lata później objął to samo stanowisko na uniwersytecie berlińskim, zastępując Hermanna Kretzschmara. W 1925 r. został przyjęty w poczet Pruskiej Akademii Nauk jako pierwszy i jedyny muzykolog. Był także przewodniczącym Niemieckiego Towarzystwa Muzykologicznego. Sprawował też inne odpowiedzialne funkcje w organizacjach społecznościowych muzykologów niemieckich.
Praca naukowa Hermann Abert, jeden z czołowych przedstawicieli muzykologii niemieckiej z początku XX wieku, łączył zainteresowania naukowe z praktycznym uprawianiem muzyki. Wynikało to z jego przekonania, że nauki humanistyczne powinny kierować się przede wszystkim spostrzeżeniami empirycznymi w wyciąganiu wniosków i opinii o zjawiskach, a nawet, że doświadczenia powinny być równie ważnym dowodem naukowym w muzykologii jak w chemii i fizyce. Krąg jego zainteresowań naukowych obejmował problematykę kultury muzycznej antyku, historię i teorię opery (zwłaszcza szkoły neapolitańskiej) oraz problematykę estetyczną.