1 maja 1952 Ogród włączono do Katedry Farmakognozji, powstałej w 1950 Akademii Medycznej (dziś Uniwersytetu Medycznego). W latach 70. XX w. jego powierzchnia została ponownie ograniczona, z uwagi na poszerzenie Trasy Niestachowskiej. Przeniesiono wtedy także wejście – dotąd było ono usytuowane od strony ul. Niestachowskiej, teraz jest od strony ul. Mazowieckiej. Rekompensatą za utratę powierzchni była budowa gmachu dydaktycznego w miejscu dotychczasowych baraków o niskim standardzie (przesądziło to o pozostawieniu ogrodu w obecnym miejscu, gdyż poważnie rozważano znalezienie nowej lokalizacji). Trójkondygnacyjny budynek ukończono w 1980.
Od 1961 do 1968 kierownikiem Ogrodu był doc. dr hab. Henryk Gerting, a po nim prof. dr hab. Bohdan Drożdż. Od 1970 Ogród Farmakognostyczny jest jednostką samodzielną. Katedra przeżywała poważny kryzys dydaktyczny po odejściu na emeryturę prof. Drożdża, ale uratowana została dzięki wkładowi pracy prof. Elżbiety Błoszyk.