Stan ten utrzymał się aż do 1918 roku, z wyjątkiem okresu Księstwa Warszawskiego (od 1807 do 1815 roku). W okresie zaborów dla Kobylej Góry bardzo ważny był handel. Mimo że w 1793 roku mieszkańcy zrzekli się praw miejskich, to nadal mogli korzystać z możliwości organizacji targów. Ważnym wydarzeniem, które ułatwiło kontakty handlowe, było otwarcie w 1860 roku szosy z Ostrzeszowa, przez Kobylą Górę do Sycowa i dalej do Wrocławia. Po powstaniu listopadowym władze pruskie ustanowiły w Kobylej Górze Komisariat Obwodowy, celem osłabienia pozycji szlachty polskiej. Stan ten utrzymał się aż do końca panowania zaborcy. W 1848 roku, podczas Wiosny Ludów, w Kobylej Górze miał miejsce bunt chłopów. Do II poł. XIX w. Kobyla Góra była miejscowością o licznej społeczności żydowskiej. Jeszcze w latach 70. XIX w. Żydzi stanowili 45% z 359 mieszkańców. Intensywna emigracja Żydów z Wielkopolski w II poł. XIX w. zmieniła krajobraz etniczny Kobylej Góry. W 1905 liczyła ona 455 mieszkańców, z czego 62% stanowili Polacy, 21% Niemcy i 17% Żydzi. Katolicy stanowili 56% ludności, protestanci 27%. W 1908, w ramach prowadzonej w prowincji poznańskiej polityki germanizacyjnej, administracja pruska zmieniła oficjalną nazwę miejscowości z Kobylagora na Heideberg.