15 października 2008 roku został wybrany na drugą kadencję, otrzymując 88% głosów. Wybory te jednak nie były zgodne z międzynarodowymi standardami i nie zostały uznane przez opozycję. Pięć lat później w wyborach prezydenckich 2013 zdobył 84,5%, zapewniając sobie władzę na kolejną pięcioletnią kadencję. W 2018 roku Ilham Alijew uzyskał 86,02% głosów, uzyskując czwartą kadencję na urzędzie Prezydenta.
W 2023 roku jego działania doprowadziły do przejęcia kontroli nad Górskim Karabachem. Prezydent Karabachu Samwel Szahramanian podpisał dekret o rozwiązaniu wszystkich struktur państwowych, a większość Ormian zamieszkujących ten teren opuściła swoje domy i przeniosła się do Armenii.
W wyborach prezydenckich w 2024 roku został wybrany na piątą kadencję, uzyskując w głosowaniu 92% głosów. Opozycja zbojkotowała wybory.
Życie prywatne Ma żonę Mehriban, która zarządza Fundacją Heydəra Əliyeva, od 2005 jest deputowaną do azerbejdżańskiego parlamentu z ramienia partii męża, której jest wiceprzewodniczącą od 2013. Mają troje dzieci: dwie córki (Leyla ur. 1984 i Arzu ur. 1989) i syna (Heydar ur.