W 1626 wschodnie ziemie Burgenlandu dostały się pod władzę węgierskich rodów książęcych Esterházych i Batthyánych. W 1647 cesarz Ferdynand II przekazał pod władzę Węgrów pozostałą, zachodnią część Burgenlandu. W 1683 ziemie te zostały spustoszone przez Turków oblegających Wiedeń, a w latach 1703–1711 przez powstanie kuruców. Ziemie wyludnione wskutek tych wydarzeń zostały ponownie zasiedlone przez Chorwatów. W latach 1765 i 1766 doszło do buntów chłopskich. W czasach wojen napoleońskich przez kraj kilkakrotnie przechodziły wojska francuskie. Podczas rewolucji na Węgrzech w latach 1848–1849 burgenlandzki książę Ludwik Batthyány został pierwszym premierem niepodległych Węgier. Działania zbrojne w okresie Wiosny Ludów ominęły ziemie Burgenlandu.
Po odrodzeniu Królestwa Węgier jako części monarchii austro-węgierskiej w 1867 Burgenland pozostał częścią Węgier. Podjęta przez władze węgierskie intensywna madziaryzacja, zwłaszcza ograniczanie oficjalnego użycia języków miejscowych, wywoływała konflikty narodowościowe. Do największych tarć doszło po wprowadzeniu przymusowej nauki języka węgierskiego w 1907.