26 lipca 2012 odbyło się uroczyste pożegnanie gen. Dygnatowskiego, odchodzącego do rezerwy. 31 lipca w siedzibie MON nastąpiło formalne zdanie urzędu.
Lustracja
W listopadzie 2012 r. warszawski sąd wszczął proces gen. broni Sławomira Dygnatowskiego, którego pion lustracyjny IPN podejrzewa o zatajenie współpracy z Wojskową Służbą Wewnętrzną w latach 1979–1983.
29 marca 2018 roku Sąd Okręgowy Warszawa–Praga orzekł, sygn. akt V K 209/12, że Sławomir Dygnatowski złożył niezgodne z prawdą oświadczenie lustracyjne o treści, iż nie współpracował z organami bezpieczeństwa państwa podczas gdy materiał dowodowy zebrany w sprawie wykazał, iż wymieniony w okresie od września 1979 roku do sierpnia 1983 roku współpracował z funkcjonariuszami Wojskowej Służby Wewnętrznej w charakterze tajnego współpracownika o pseudonimie „Orion”. Sąd Apelacyjny w Warszawie orzeczeniem z dnia 8 listopada 2018 r. sygn. akt II AKa 218/18/L, po rozpoznaniu apelacji wniesionej przez obrońcę lustrowanego, utrzymał w mocy zaskarżone orzeczenie.
Awanse generał brygady – 15 sierpnia 2005. generał dywizji – 11 listopada 2006. generał broni – 9 sierpnia 2011.