W związku ze swymi zainteresowaniami, Ponikowski podejmował dyskusje i polemiki z wieloma uznanymi w skali międzynarodowej autorytetami z dziedziny ekonomiki rolnej. I tak, zgłosił sprzeciw wobec metody punktowej badania intensywności i przychodu surowego prof. Ernsta Laura. Przy pomocy metod statystyczno-matematycznych, wykazał u F. Watterstradta błędy w ocenach intensywności rolnictwa niemieckiego. Dyskutował z Franciszkiem Bujakiem na temat systemu rachunkowości stosowanego w Wydziale Ekonomiki Drobnych Gospodarstw Rolnych Państwowego Instytutu Naukowego Gospodarstwa Wiejskiego w Puławach.
W latach 1939–1944 zamieszkiwał w Dublanach (pod Lwowem), gdzie kierował biblioteką Wydziału Rolniczo-Leśnego Politechniki Lwowskiej – biorąc też udział w tajnym nauczaniu. Na wiosnę 1944 przeniósł się do Warszawy, która jako choremu na astmę, odpowiadała mu bardziej pod względem klimatycznym. Podczas powstania warszawskiego został wraz ze swą żoną zastrzelony (26 września 1944) – prawdopodobnie na Mokotowie, gdzie zamieszkiwał w domu swych rodziców (Warszawa, ul. Czeczota 10). Dokładne miejsce, w którym zginął i miejsce pochówku jego i jego żony Zofii z Marczewskich nie jest znaneWedług witryny genealogicznej „Minakowski” miejscem jego pochówku jest grobowiec rodziny jego matki tj.