28 stycznia 1894 w obrębie eparchii irkuckiej powstał wikariat czycki, który 12 marca tego samego roku stał się eparchią czycką (zlikwidowaną w 1930).
Między 1936 a 1943 zlikwidowano eparchię irkucką. Później reaktywowano ją, włączając do niej także eparchie Rosyjskiego Dalekiego Wschodu. Ponownie uzyskały one samodzielność dopiero po upadku ZSRR. W 1993 reaktywowano eparchię jakucką, a w 1994 – eparchię czycką.
5 października 2011 z eparchii irkuckiej wydzielono kolejne części. Powstały wówczas eparchia bracka i eparchia sajańska. Dzień później, dwie nowe eparchie i stara irkucka stały się częścią nowo powołanej metropolii irkuckiej. Jej pierwszym zwierzchnikiem został ówczesny biskup irkucki i angarski Wadim (Łaziebny).
Biskupi irkuccy Innocenty (Kulczycki), św. Innocenty Irkucki, 1727–1731 Innocenty (Nerunowicz), 1732–1741 Sofroniusz (Kristalewski), św.