Po rozpadzie ZSRR klub zaprzestał działalność. Dopiero w 2000 klub został reaktywowany i zgłoszony do rozgrywek Azerbejdżańskiej Premier Ligi. W sezonie 2000/01 zajął przedostatnie 10. miejsce, jednak w następnym sezonie liczba drużyn została zwiększona do 12 i klub pozostał w najwyższej lidze. Ale przed startem sezonu zespół Araz Nachiczewan został wykluczony z rozgrywek z powodu zaległości finansowych wobec swoich piłkarzy. Ich miejsce zajęła drużyna Şahdağ Qusar. Jednak po pierwszej kolejce z rozgrywek wycofał się zespół Viləş Masallı z powodu braku środków finansowych. Dzięki temu drużyna Araz Nachiczewan mogła wystąpić w sezonie 2001/02 mistrzostw Azerbejdżanu. Po zakończeniu etapu pierwszego zajął 8. miejsce, ale już nie przystąpił do rozgrywek drugiego etapu przez problemy finansowe. Na początku 2013 po raz kolejny klub odnowił swoją działalność.