Jesienią tego samego roku został wybrany deputowanym Rady Najwyższej Górskiego Karabachu, a w grudniu objął funkcję przewodniczącego Rady.
W 1992 doszło do eskalacji konfliktu pomiędzy Azerbejdżanem a samozwańczą republiką. W sierpniu tego roku Koczarian stanął na czele Komitetu Obrony Republiki Górskiego Karabachu, pełniącego faktyczną władzę polityczną i militarną na terytorium zajmowanym przez karabachskich OrmianRafał Czachor, Abchazja, Osetia Południowa, Górski Karabach: geneza i funkcjonowanie systemów politycznych, Wrocław 2014, s. 358.. 12 maja 1994 pod auspicjami Rosji i OBWE pomiędzy walczącymi stronami zawarte zostało zawieszenie broni. 24 grudnia 1994 parlament Górskiego Karabachu wybrał Koczariana na stanowisko prezydentaRafał Czachor, Abchazja, Osetia Południowa, Górski Karabach: geneza i funkcjonowanie systemów politycznych, Wrocław 2014, s. 361.. W listopadzie 1996 jego pełnomocnictwa zostały potwierdzone w wyborach powszechnych, w których Koczarian uzyskał ponad 80% poparcia.