W 1953 otrzymał nagrodę, którą przyznały oddziały wartownicze przy Armii Amerykańskiej, w uznaniu zasług przy wydawaniu książek polskich.
Franciszek Prochaska zmarł 26 lipca 1972 w Aix en Provence i został pochowany na miejscowym cmentarzu.
Był właścicielem sporej kolekcji dzieł sztuki. Przekazywał prace na rzecz Muzeum Historycznego w Sanoku; w 1962 46 dzieł, w tym 11 swojego autorstwa, łącznie na przełomie 1962/1963 przekazał kolekcję 235 prac. Za życia przekazał swoje ryciny na rzecz Muzeum Narodowego w Warszawie, zaś obrazy i ryciny (70 dzieł) darował na rzecz sanockiego muzeum. W 1972 planowano tam utworzenie galerii im. Marii i Franciszka Prochasków, zaś w tym czasie na wniosek Sanoka powstała idea odznaczenia artysty odznaką „Zasłużony dla Kultury Polskiej” przez Ministra Kultury i Sztuki. 20 listopada 1978 spadkobiercy Prochaski (siostra Jadwiga, żona oficera i lekarza Kazimierza Niedzielskiego oraz jego siostrzenica Anna Florkowska z domu Stok i jej mąż Aleksander Florkowski) przekazali kolejne jego dzieła tej placówce (łącznie 190 sztuk)Franciszek Oberc: Kalendarium sanockie 1974-1994, w: Sanok. Dzieje miasta, Praca zbiorowa pod redakcją Feliksa Kiryka, Kraków 1995, s. 953..