W 2006 roku z inicjatywy prezydenta doszło do powszechnej amnestii bojowników odsiadujących wyroki. Amnestia odbyła się w ramach programu Karta Pokoju i Narodowego Pojednania (uchwalonej w referendum w 2005 roku).

Po rozwiązaniu kwestii wojny domowej, uregulował sytuację mniejszości berberyjskiej. Za jego rządów, 9 kwietnia 2002 wprowadzono poprawkę konstytucji, wedle której język berberyjski stał się drugim językiem urzędowym kraju. Zmiana zahamowała widoczne w poprzednich latach napięcia pomiędzy rządem a Berberami. Prezydent odstąpił tym samym od prowadzonej przez poprzednie rządy polityki arabizacji.

Rządy Butefliki związane są z liberalizacją gospodarki. Polityka ta w połączeniu z podwyższeniem cen ropy naftowej przyczyniła się do poprawy sytuacji ekonomicznej. Napływające do kasy państwa pieniądze prezydent wykorzystał do inwestycji w obiekty i infrastrukturę użyteczności publicznej, w tym mieszkania komunalne.

Ważnym elementem aktywności politycznej Butefliki jest polityka zagraniczna. W lipcu 1999 roku zorganizował w Algierze szczyt Organizacji Jedności Afrykańskiej. Brał udział jako mediator w konflikcie konflikcie erytrejsko-etiopskim.