W praktyce właściwy stan ochrony siedliska przyrodniczego w obszarze Natura 2000 to taki stan, w którym: powierzchnia siedliska nie zmniejsza się, ani nie jest antropogenicznie pofragmentowana; ekosystem jest w dobrym stanie, brak znaczących zaburzeń, zachodzą typowe dla ekosystemu procesy ekologiczne, stan typowych gatunków jest właściwy, różnorodność biologiczna związana z ekosystemem jest niezubożona; brak jest zagrożeń i negatywnych trendów wobec siedliska przyrodniczego. Zachowanie siedliska w stanie niepogorszonym w perspektywie co najmniej 10-20 lat jest niemal pewne.
Natomiast właściwy stan ochrony gatunku w obszarze Natura 2000 to taki stan, w którym: liczebność jest stabilna w dłuższym okresie (mogą występować naturalne fluktuacje) oraz populacja wykorzystuje potencjał obszaru oraz struktura wiekowa, rozrodczość i śmiertelność prawdopodobnie nie odbiegają od normy; wielkość siedliska gatunku jest wystarczająco duża, a jego jakość odpowiednio dobra dla długoterminowego przetrwania gatunku; brak jest istotnych negatywnych oddziaływań i nie przewiduje się większych zagrożeń w przyszłości, nie obserwuje się negatywnych zmian w populacji i siedlisku.