Jack udaje się w pościg, ale po drodze trafia na pułapkę i wpada do morza. Zostaje jednak wyłowiony przez marynarzy, którzy płyną na diabelską rafę. Statek zostaje zaatakowany przez stwory, które zabijają większość marynarzy. Detektyw wraz z paroma ocalałymi ukrywa się w głębi statku, jednak oni też giną podczas gdy bohater próbował dostać się do zamkniętego pomieszczenia, w którym znajduje się klucz do zbrojowni. Gdy wychodzi na zewnętrzny pokład, zastaje wynurzającego się z wody wielkiego stwora, a zarazem jednego z trzech bogów czczonych przez Istoty z głębin, Dagona. Za pomocą działka udaje mu się unieszkodliwić potwora, ale ten niszczy doszczętnie statek. Walters budzi się na diabelskiej rafie przy szczątkach statku. Będąc na niej, Walters przedostaje się do podziemnego miasta Y'hatanei. Tam odkrywa, że jest ono atakowane przez statki podwodne, ale chroni je jakaś siła, którą wytwarza modlitwa. Jack za wszelką cenę musi dostać się do świątyni i gdy mu się to udaje, zabija czczoną tam olbrzymią istotę zwaną Hydrą i zdejmuje osłonę z podwodnego miasta.