W związku ze zmianą ustroju politycznego w Polsce na przełomie lat 80 XX w. i 90 XX w. w polskich służbach specjalnych, cywilnych i wojskowych, zaszły generalne zmiany. 27 sierpnia 1990 Zarząd II Sztabu Generalnego WP został połączony z Wojskową Służbą Wewnętrzną poprzez rozwiązanie Wojskowej Służby Wewnętrznej i przejęcie jej zadań w zakresie kontrwywiadu wojskowego przez Zarząd II Sztabu Generalnego WP i przekształcenie w Zarząd II Wywiadu i Kontrwywiadu. Następnie 22 sierpnia 1991 został zastąpiony przez Wojskowe Służby Informacyjne (struktura ds. wywiadu zagranicznego Zarządu II SG WP stała się Zarządem Wywiadu WSI). Pierwszym szefem WSI został gen. Stanisław Żak. Nowy Zarząd II SG WP wypełnia od tego czasu zadania związane z rozpoznaniem.
Struktura organizacyjna Zarządu II SG Struktura Zarządu II Sztabu Generalnego WP często się zmieniała. Było to m.in. rezultatem wielu ucieczek oficerów wywiadu wojskowego za granicę. Struktura Zarządu II w 1955 W grudniu 1955 struktura Zarządu II przedstawiała się następująco: Oddział I – rozpoznania wojskowego (tzw.