W 1946 r. wszedł w skład Zarządu Towarzystwa Bibliotekarzy i Archiwistów, a 1947 – Zarządu Towarzystwa Miłośników Historii. 29 maja 1952 r. został wybrany prezesem Towarzystwa Miłośników Historii i sprawował tę funkcję do 30 października 1956 r. Od 1951 r. pracował na UW. Uzyskał tam stopień doktora w 1949 r. na podstawie rozprawy, pt. Przeszłość administracyjna ziem województwa łódzkiego. W 1954 r. otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego.
W 1953 odszedł z AGAD i został kierownikiem Zakładu Archiwoznawstwa w Instytucie Historii Polskiej Akademii Nauk, gdzie zainicjował szerokie badania nad kancelariami funkcjonującymi w XIX w. na ziemiach polskich. Po likwidacji Zakładu Archiwoznawstwa w 1959 Stebelski został kierownikiem Pracowni Edytorskiej Źródeł Nowożytnych PAN. W 1964 przeszedł na emeryturę.
W Instytucie Historii PAN pracę rozpoczął w 1953 r., gdzie objął funkcję kierownika Działu Archiwoznawstwa, a następnie Pracowni Edytorskiej Źródeł Nowożytnych, inicjując badania nad kancelariami funkcjonującymi w XIX w. na ziemiach polskich. Wszedł do Rady Naukowej IH PAN. Współpracował z komisją wydawnictw źródłowych;