W 1600 ukończona została dla wójta Piotra Głoda sklepiona kolebkowo z lunetami w części parterowej kamienica w południowo-zachodnim rogu Rynku (obecnie nr 28), która służyła do XIX w. jako dom zajezdny. W 1684 Strzyżów otrzymał zezwolenie królewskie na organizację 4 jarmarków rocznie.
Po Strzeżowskich właścicielami Strzyżowa byli Świerczowscy i Wielopolscy w XVI w., Bączalscy, Bonerowie, Szczepieccy i ponownie Wielopolscy w XVII w., Radziwiłłowie w XVIII w., Starzeńscy, Skrzyńscy, Wołkowiccy i Konopkowie w XIX i na początku XX w.
15 sierpnia 1769 odbyła się przysięga konfederatów barskich przed obrazem Matki Bożej Niepokalanej w Strzyżowie, w obecności Kazimierza Pułaskiego i Franciszka Trzecieskiego. Obraz ten został zamieszczony na sztandarze Konfederatów.
Pod zaborami W wyniku I rozbioru Polski w 1772 r. miasto stało się częścią monarchii habsburskiej (Austrii), wchodząc w skład Królestwa Galicji i Lodomerii. W latach 1775-1782 należało do dystryktu Krosno w ramach cyrkułu pilzneńskiego. W latach 1782–1791 Strzyżów należał do Cyrkułu dukielskiego, a w latach 1791–1850 i 1854–1860 do cyrkułu jasielskiego. W okresie przejściowego zniesienia cyrkułów (lata 1850-1854) miasto wchodziło w skład Bezirkshauptmannschaft Rzeszów w okręgu rządowym Kraków. Po reaktywacji w 1854 r.