W ciągu kolejnych dwóch lat większość taboru przekazano do Jędrzejowa i zlikwidowano budynki (budynek stacyjny w Starachowicach spalił się i został rozebrany, a stację w Iłży zaadaptowano na mieszkania), zlikwidowano również fizycznie bocznicę normalnotorową do stacji Starachowice Wąskotorowe.
W 1995 została wpisana do rejestru zabytków nieruchomych województw: świętokrzyskiego (nr rej.: A.827 z 14.02.1995 r.) i mazowieckiego (nr rej.: 543/A/95 z 27.01.1995 r.). Mimo to, postępowała degradacja infrastruktury i pozostałego taboru oraz kradzieże szyn i innych elementów.
Od 2001 roku Fundacja Polskich Kolei Wąskotorowych czyniła starania w kierunku przywrócenia ruchu na kolei. W 2003 r., na skutek mediacji podjętych przez Fundację, nastąpiło przejęcie linii od PKP przez władze Starostwa Powiatowego w Starachowicach. Powiat następnie zawarł z Fundacją Polskich Kolei Wąskotorowych umowę o użyczeniu jej majątku kolei. Rozpoczęto przygotowania do reaktywacji SKW, zakończonej w kwietniu 2004 r. przywróceniem przewozów na odcinku Starachowice Wschodnie Wąskotorowe – Lipie, a cztery lata później Iłża – Marcule. Obecnie trwają prace nad pozyskaniem funduszy celem odbudowy brakującego, ośmiokilometrowego odcinka i przywrócenia przewozów na całej trasie.