W 2009 roku wystartował w jednym rajdzie Intercontinental Rally Challenge. W następnym roku rozpoczął niepełny program w tej serii za kierownicą Forda Fiesty S2000. Sezon ten ukończył na 7. pozycji, a największym osiągnięciem było zajęcie 2. miejsca w Rajdzie Szkocji. W sezonie 2011 Mikkelsen startował już w pełnym cyklu IRC za kierownicą Škody Fabii S2000 w nowym zespole Škoda UK. Wygrał dwa ostatnie rajdy sezonu, dwa razy też zajmował 2. miejsce, co ostatecznie pozwoliło mu zostać najmłodszym mistrzem serii IRC. W kolejnym roku ponownie okazał się najlepszy w serii IRC wygrywając 2 rajdy a w kolejnych pięciu zajmując drugie miejsce.
W 2013 został włączony jako trzeci kierowca do fabrycznego zespołu Volkswagena wystawiającego samochody Polo R WRC w mistrzostwach świata. Sezon zakończył na dziesiątym miejscu z dorobkiem 50 punktów. W kolejnym sezonie podczas Rajdu Szwecji po raz pierwszy stanął na podium rundy zajmując najlepsze dotychczas w karierze, drugie miejsce. Wynik ten powtórzył podczas Rajdu Polski.