Po wygaśnięciu piastowskiej linii książęcej, miasto weszło pod panowanie korony Czeskiej. Właścicielami Nowogrodźca były rody von Landeskrone, von Rechenberg, von Haugwitz i von Warnsdorf. Od XVIII wieku miasto znajdowało się we władaniu Prus.
W 1527 miasto nawiedziła epidemia dżuma, która zabiła większość mieszczan. Jedynymi ocalałymi z epidemii były trzy pary małżeńskie oraz mieszkańcy klasztoru. Nowi mieszkańcy miasta postanowili wybudować świątynię i nazwać ją Kościołem Ofiarowania. Kościół ten został ukończony dopiero w 1657, a do naszych czasów zachował się jedynie fragment fundamentów na cmentarzu komunalnym.
Nowogrodziec przez lata był też dewastowany przez działania wojenne. Miasto niszczone było przez Husytów w XV wieku, Szwedów w XVII wieku, także podczas wojen śląskich. Mimo to miasto szybko podnosiło się ze zniszczeń i odbudowywało.