W czasie obydwu konfliktów została uszkodzona.
Zniszczenie i renowacja mały|250px|Sobór w panoramie Jełgawy mały|200px|Wnętrze soboru Po włączeniu Łotwy do ZSRR obiekt otrzymał status chronionego przez państwo zabytku, jednak natychmiast został odebrany wiernym i zmieniony w magazyn środków chemicznych. Kilkakrotne plany renowacji obiektu nie zostały zrealizowane. W latach 80. pojawiła się natomiast koncepcja adaptacji go na salę koncertową, a po jego porzuceniu – zburzenia soboru. I ten projekt został jednak zarzucony. Zniszczona cerkiew została zwrócona Łotewskiemu Kościołowi Prawosławnemu już po upadku Związku Radzieckiego.
Z inicjatywy biskupa ryskiego i całej Łotwy Aleksandra rozpoczęto gruntowny remont cerkwi. Jego pierwsza faza zakończyła się w 1995 poprzez umocnienie fundamentów oraz elektryfikację zdewastowanej świątyni. W 2000 w nawie głównej pojawił się nowy ikonostas. Była tu już trzecia kolejna taka konstrukcja w świątyni. Pierwszy trzyrzędowy ikonostas w świątyni pochodził z istniejącej za panowania Anny Iwanowny kaplicy prawosławnej w pałacu książęcym, noszącej wezwanie Przemienienia Pańskiego. Wykonano do niego nowe królewskie wrota. Zbiór ikon czczonych w cerkwi stanowił połączenie obiektów znajdujących się już w kaplicy Przemienienia Pańskiego oraz nowych.