Ze stworzonego przezeń zaraz po wyborach „Ruchu na rzecz budowy państwa” w tym samym roku powstała Tajwańska Partia Niepodległościowa, grupująca członków DPP niezadowolonych z bardziej centrowego i mniej radykalnie pro-niepodległościowego kursu partii.
thumb|240px|Chen Shui-bian, prezydent Republiki Chińskiej w latach 2000–2008 W marcu 2000 DPP po raz pierwszy w historii przejęła władzę w kraju po tym, jak Chen Shui-bian zwyciężył w wyborach prezydenckich. Było to zarazem pierwsza zmiana obozu rządzącego w historii republiki. Również w 2001 w wyborach do Yuanu Ustawodawczego DPP odniosła zwycięstwo, stając się największą partią polityczną w parlamencie. W wyborach prezydenckich w marcu 2004 prezydent Chen Shui-bian uzyskał reelekcję, pokonując Lien Chana z Kuomintangu. W wyborach parlamentarnych w grudniu 2004 DPP zdobyła najwięcej mandatów, jednak jej koalicja wyborcza Zielonych przegrała z koalicją Kuomintangu, Niebieskimi.